El Departamento I3U se organiza en torno a siete líneas de investigación. Cada línea es completamente independiente, aunque existe un alto grado de interacción entre todas ellas, permitiendo una óptima utilización de los recursos del instituto.

• • Unidad de Investigación
  •   Inmunidad innata e inflamación

• • Lineas de Investigación
  •   Daño tisular inmune e inmunidad innata M.Sánchez Crespo N.Fernández 
  •   Lípidos bioactivos y lipidómica J.Balsinde 
  •   Enfermedades inflamatorias y degenerativas M.L.Nieto M.Hernández 
  •   Metabolismo lipídico e inflamación M.A.Balboa 
  •   Fosfatasas de tirosina en el sistema inmune A.Alonso Y.Bayón 
  •   Receptores Toll y enfermedades inflamatorias C.García-Rodríguez 
  •   Rho GTPasas y señalización por lípidos M.J.Caloca 
  •   Alergia e inmunidad de mucosas E.Arranz J.A.Garrote