Genómica y secuenciación
 
SERVICIO DE GENÓMICA Y SECUENCIACIÓN
INDICE
 
 
2.   EQUIPOS.
4.   TARIFAS.
5.   PERSONAL.

 

1.    INTRODUCCIÓN

     La Secuenciación de ADN es un conjunto de métodos y técnicasbioquímicas cuya finalidad es la determinación del orden de los nucleótidos (A, C, G y T) en un oligonucleótido de ADN. Se trata deuna tecnología esencial tanto para la investigación básica de los procesos biológicos, como en investigación traslacional en Biomedicina. El desarrollo de la secuenciación del ADN ha acelerado significativamente la investigación y los descubrimientos en biología. Las técnicas actuales permiten realizar esta secuenciación a gran velocidad, lo cual ha sido de gran importancia para proyectos de secuenciación a gran escala como el Proyecto Genoma Humano. Otros proyectos relacionados, en ocasiones fruto de la colaboración de científicos a escala mundial, han establecido la secuencia completa de ADN de muchos genomas de animales, plantas y microorganismos.

     El Servicio de secuenciación de ADN dotaal IBGM de un recurso esencial para el progreso de las diferentes líneas de investigación. Su principal ventajaes la aceleración en la obtención de los resultados finales, comparado con un servicio externo, pero además supone un ahorro significativo en los costes de secuenciación para cada investigador. Desde su inauguración, en junio de 2011se han realizado 292 reacciones de secuencia para diferentes investigadores del IBGM. Dentro de esta cifra no se contabilizan las secuencias realizadas por los laboratorios de cáncer hereditario (B-7), Metabolopatías (B-2 y B-3) y Splicing y Cáncer (B-8) que las realizan por sus propios medios.

 

2.    EQUIPOS

 

  1. Termociclador Veriti 96-Well (Life Technologies) y resto de equipamiento básico del laboratorio B-8 "Splicing y susceptibilidad genética a cáncer".
  2. Secuenciador automático ABI3130 Genetic Analyzer (equipamiento común) para la realización de electroforesis capilar con inyección electrocinética y detector de fluorescencia.

 

3.    NORMAS DE FUNCIONAMIENTO

Contacto:

     Enviar un correo electrónico a bdgomez@ibgm.uva.es (Beatriz Díez Gómez) y eavelsam@ibgm.uva.es (Eladio Velasco) detallando todas las reacciones de secuencia que necesitáis para que así quede registrado, el oligo utilizado y su secuencia.

Preparación de muestras:


     Es necesario ADN de alta pureza: Minipreps de plásmidos (p.e. Macherey Nagel, GE Healthcare; etc), Productos PCR purificados por columnas (p.e. High Pure Roche).

  • Preparar en un tubo PCR de 0,2 mL libre de DNAsa/RNAsa: 500 ng de plásmido + 4 picomoles del primer (0,4 μL de una concentración 10 μM) en un Volumen final de 7,5 μL (completar con H2O milliQ). El primer de secuencia debe ser suministrado por cada laboratorio. Disponemos de los oligos universales SP6,T3 y T7. Las muestras se llevarán al laboratorio B-8 en la planta baja.

  • Nosotros añadimos la Master Mix + el Buffer, realizaremos la PCR en nuestros termocicladores, la eliminación de los terminadores marcados no incorporados (Procedimiento CleanSeq), y la electroforesis en el secuenciador automático.

  • Se secuenciará una vez semanalmente. Las muestras se recibirán hasta el martes a las 13:00 y se correrán en el secuenciador el miércoles. Los resultados estarán disponibles a partir del jueves por la mañana. Sería ideal un nº de reacciones múltiplo de 4 (= al nº de capilares).

  • Productos PCR, cantidades recomendadas por Applied Biosystems:

Tamaño productos de PCR

Cantidad recomendada
100-200 pb 1-3 ng
200-500 pb 3-10 ng
500-1000 pb 5-20 ng
500-1000 pb 10-40 ng
>2000 pb 20-50 ng

     Nosotros recomendamos duplicar las cantidades de productos de PCR indicadas en la tabla anterior.

 

4.    TARIFAS

     El precio final por reacción es de 6,30 €.

     Se cobrarán todas las reacciones de secuencia, salgan o no, salvo fallo de los reactivos utilizados, del secuenciador o error patente del servicio de secuencia.

 

5.    PERSONAL

     Beatriz Diez Gómez
     bdgomez@ibgm.uva.es
          983186496

     Eladio A. Velasco Sampedro
     eavelsam@ibgm.uva.es
          983184829

     Laboratorio B8
     Instituto de Biología y Genética Molecular
     Consejo Superior de Investigaciones Científicas
     Sanz y Forés 3
      47003 Valladolid

Página actualizada el 06 de marzo de 2012

IBGM

Instituto De Biología Y Genética Molecular.
Calle Sanz y Forés, 3, 47003 Valladolid. Ver mapa